Heydər Əliyev bütün sahələrdə olduğu kimi, kənd təsərrüfatının idarə edilməsində də zəngin biliyə və təşkilatçılığa malik idi. O, yaxşı bilirdi ki, torpağı əsl sahibinə — kəndliyə qaytarmadan böyük nailiyyətlər əldə etmək mümkün deyildir. Məhz dahi rəhbərin uzaqgörənliyi sayəsində Azərbaycanda torpaq islahatı şəffaf, ədalətli şəkildə həyata keçirildi.
Ölkədə aqrar islahatların aparılması üçün normativ hüquqi sənədlər və qanunlar hazırlanıb qəbul edildi. 1995-ci ilin əvvəllərindən aqrar islahatlara başlanıldı. 1995-1996-cı illərdə «Aqrar islahatların əsasları», «Sovxoz və kolxozların islahatı», «Torpaq islahatı» haqqında qanunların, digər vacib hüquqi aktların qəbulu aqrar-sənaye kompleksində köklü dəyişikliklər aparılması üçün əsaslı imkanlar yaratdı.
Aqrar bölmədəki islahatlar qətiyyətliliyi və sürəti ilə nəinki Azərbaycan iqtisadiyyatının digər sahələrində, hətta postsovet respublikalarında aparılan islahatlardan əsaslı surətdə fərqlənərək ölkədə özəl mülkiyyətin formalaşmasında və sahibkarlığın inkişafında xüsusi rol oynadı. 1999-2000-ci illərdə ölkə Prezidenti islahatların daha da dərinləşdirilməsi məqsədilə 8 fərman imzaladı və bunun sayəsində bir çox tədbirlər görüldü. İslahatlar nəticəsində 1970 kolxoz və sovxozun hamısında torpaq və əmlak 3 milyon 500 minə yaxın vətəndaş arasında bölündü.
Heydər Əliyevin 22 mart 1999-cu il tarixli «Aqrar sahədə islahatların sürətləndirilməsinə dair bəzi tədbirlər haqqında» fərmanı xüsusilə mühüm əhəmiyyətə malikdir. Fərmana əsasən, Nazirlər Kabineti kənd təsərrüfatı məhsulları istehsalçılarına dövlət büdcəsi hesabına güzəştli pərakəndə satış qiyməti ilə neft məhsullarının (benzin, dizel yanacağı və motor yağları) satılması barədə qərar qəbul etdi. Milli Məclis isə həmin fərmana uyğun təqdim edilmiş layihəni müzakirəyə çıxararaq kənd təsərrüfatı məhsulları istehsalçılarının torpaq vergisi istisna olmaqla, digər vergilərdən azad edilməsi barədə qanun qəbul etdi.
